Если налоговый агент неправомерно предоставил вычет физлицу, это означает, что он перечислил в бюджет НДФЛ в меньшем размере, чем необходимо. Другими словами, образовалась недоимка по налогу в виде разницы между суммой НДФЛ, которую требовалось удержать, и величиной НДФЛ, который был фактически удержан.
Эту задолженность следует удержать из очередной выплаты в пользу сотрудника (например, из заработной платы за следующий месяц). Следует учитывать, что общая сумма удержания не должна превышать 50 процентов от суммы выплаты (п. 4 ст. 226 НК РФ).
Также налоговому агенту нужно уплатить пени за несвоевременное перечисление НДФЛ (ст. 75 НК РФ). Пени рассчитываются с момента, когда работодатель должен был удержать и уплатить НДФЛ в бюджет до фактического срока исполнения этой обязанности (п. 2 постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 № 57). Кроме того, за несвоевременное перечисление НДФЛ налоговому агенту грозит штраф по статье 123 НК РФ (письмо Минфина России от 16.02.2015 № 03-02-07/1/6889).
Если недоимка по НДФЛ будет удержана из доходов работника до окончания текущего налогового периода, то в расчете 6-НДФЛ и справке по форме 2-НДФЛ должна быть отражена верная сумма исчисленного и уплаченного налога (без учета ошибочно предоставленного вычета).
Если удержание произойдет после окончания соответствующего налогового периода и сдачи отчетности, то необходимо представить уточненный расчет 6-НДФЛ и справку 2-НДФЛ (письмо ФНС России от 02.03.2015 № БС-4-11/3283).
